UCSF Chimera是一款免費的分子結構和相關數據的分析程序，此工具能夠對分子密度圖、軌跡和序列排序。軟件中還內置了豐富的功能，可幫助用戶更方便的進行數據的分析和模擬。軟件功能強大，有著簡潔的使用界面，支持生成圖像和動畫，使用起來簡單方便。
軟件功能
1、強大的軸、平面和質心功能，軸可以表示為圓柱體，平面表示為圓盤，質心表示為球體，這些都可以用于距離和角度測量。
2、體積數據:可以顯示三維電子和光學顯微鏡數據、x射線密度圖、靜電勢和其他體積數據。
3、b因子著色:可以對結構著色以顯示屬性值
4、篩選分子對接
5、通過保護著色
6、卷平面顯示
7、旋轉異構體
使用說明
1、通過點擊或雙擊嵌合體圖標(取決于它的位置)來啟動嵌合體。通常，這個圖標將出現在桌面上。Cimela可執行文件也可以從其安裝位置運行。
2、將出現一個飛濺屏幕，在幾秒鐘內由包含圖形顯示或最近使用的文件的快速訪問列表的主嵌合體窗口替換(這并不重要，因為打開一個結構將自動將顯示器切換到圖形窗口)。如果你喜歡，通過點擊并拖動右下角來放大窗口。窗口也可以通過點擊它的頂部欄和拖動來移動。
3、打開結構
4、現在打開一個結構。從菜單中選擇文件ID ID獲取，并將1ZIK作為結構的ID從PDB中取出。該結構將出現在圖形窗口中，它是由兩個肽形成的亮氨酸拉鏈。
5、默認的初始顯示是色帶。也顯示原子：
6、這顯示了結構中的所有原子和鍵，除了肽鏈中的那些被絲帶顯示抑制。下面討論如何顯示用于顯示、著色等結構的特定部分。最初，雜原子(碳以外的原子)由元素組成：氧原子、氮原子、藍色等。碳保持模型顏色，在這種情況下是棕褐色。
7、隱藏緞帶，露出骨架原子，然后再次展示緞帶
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