Discovery Studio是一個專業的化學實驗軟件,通過它可以幫助用戶創建分子模型式,從而可以更好的對其進行分析,適用于實驗生物學家、藥物化學家、結構生物學家、計算生物學家和計算化學家等,支持構型、靜電學、力場、模型分析、圖像分析、藥理基團、藥理學的分析,可以將復雜的化學數據可視化,導入數據就可以為你生成相關的模型。本次為你帶來的是破解版,可以免費激活使用。
軟件功能
一、基本界面和顯示模塊
1、Discovery Studio Standalone
可視化界面,是利用Discovery Studio破解版軟件進行分子設計和模擬的基礎,支持服務器-客戶端安裝在同一臺機器上的運行模式。與Pipeline Pilot Server結合在一起,提供化學/生物學數據顯示、模擬/分析、構建三維分子、展示動態變化、三維作圖及許多其它功能
2、Discovery Studio Visualizer Client
是服務器-客戶端運行模式中、客戶端的可視化界面,用于訪問和使用服務器端的軟件。必須與服務器端配置的Pipeline Pilot Server協同工作,為用戶提供無與倫比的數據、工作流程和計算資源共享
二、蛋白質模擬模塊
1、DS MODELER
只要給出未知結構序列與另一個已知三維結構蛋白的比對,利用工業標準的快速同源模建方法,便可自動并快速產生優化的蛋白同源模型。對于靶標發現及蛋白家族功能結構分析,MODELER是一個理想的解決方案。用MODELER還可以模擬蛋白突變,進行loop區模建及基于結構的比對并構建有配體結合的蛋白結構模型。結合Sequence Analysis模塊,可以全自動完成抗體Loop區模建。結合軟件里模擬及以結構為基礎的藥物設計的功能模塊,用MODELER還可以深入研究蛋白結構及功能的關系
2、DS Protein Refine
利用CHARMm對模建好的蛋白質進行側鏈和loop區的優化,提高蛋白質模型的準確性
3、DS Protein Health
蛋白質三維結構合理性評價工具。Protein Health模塊運用Profiles 3D方法,通過將三維結構的結構環境與特定氨基酸殘基的優先外界環境相比較,獲得相關結構性質與氨基酸序列信息之間的關系。通過Protein Health模塊的分析,用戶可以方便快速地找到蛋白質結構中不合理的區域
4、DS Protein Families
通過分析某一蛋白家族蛋白序列的保守模式以及在三維結構上的保守殘基的位置,可以在分子水平上更好地了解到蛋白功能機制。Protein Families的簡單易用的流程(protocols),也可一步步地引導用戶進行分析,從蛋白家族的序列或者結構比對,到進化蹤跡分析。而進化蹤跡分析包括用分層聚類的方法來建立蛋白家族系統樹圖以及把這些得到的功能注釋信息畫到你的三維結構上去。進行序列比對時,允許根據需要對比對結果添加約束,提高活性部位關鍵殘基的比對效果
5、DS Sequence Analysis
與功能已知的其它蛋白的序列進行比對,是確定某一蛋白生物功能的第一步。用Sequence Analysis也可以讓用戶通過通用的BLAST及PSI-BLAST算法來搜索本地數據庫或者NCBI網上數據庫,確定蛋白序列的同源區域。結果在交互的報告格式里面顯示以方便進行進一步的分析及在其它Discovery Studio破解版模塊里面的使用。使用Blast搜索PDB或PDB_nr95數據庫時,結果文件中可以顯示輸出蛋白質的SCOP ID, Ligand ID以及X射線分辨率等信息
安裝方法
1、安裝的時候可以看到軟件具有32、64版本,小編的電腦是64,所以選擇DS45Client.exe
2、進入安裝提示,確認安裝信息,無誤,點擊Next進行安裝
3、用戶可有點擊Change來設置軟件安裝位置
默認安裝位置:C:\Program Files\BIOVIA\Discovery Studio 4.5\
4、提示軟件已經可以安裝到電腦上,顯示所有安裝的提示
5、進入安裝過程,需要配置很多附加的安裝程序,等待一段時間
6、軟件安裝完成,點擊Finish退出安裝向導
7、將破解補丁文件下的破解補丁復制到軟件文件中
8、雙擊打開軟件,點擊Help下的About,如下圖軟件已經破解完成,用戶可以放心使用
使用教程
1、雙擊打開軟件,如下圖
2、進入軟件,顯示很多示例文件,這里可以點擊第一個Protein Structure蛋白質結構查看
3、如圖所示,這里就是蛋白質的編輯樣式,如果你需要自己設計,可以從化學界面上找到模型
4、點擊Multiple sequence alignment功能,可以將您的多序列比對
5、提示一些關于DNA的子項目,可以點擊DNA-Single Strand查看鏈接,也可以查看不同的分子樣式
6、點擊Chemistry可以查看軟件的化學結構,可以分析立體化學模型
更新日志
1、新的數據庫又得到了化學結構復制的方案
2、可以從數據庫上找到分子方程式的變量數據
3、也可以自己將實驗的結果制作為研究模板
4、也可以針對不同類型的化學元素添加
5、支持使用電解質方程插入到模型上
6、支持對分析的化學結果添加注釋信息
裝機必備軟件
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