前言：雖然調查兵團囚禁了女巨人（亞妮·雷恩哈特），但卻無法從包覆在堅硬水晶體重的她身上獲得任何情報。另一方面，因為在作戰中使得城墻崩落，因而發現了有巨人藏在城墻中。但知情的高層并未公開這個沖擊性的事實。

另外，在執行女巨人捕獲作戰之前，調查兵團為了找出女巨人的共犯，將部分新兵隔離在羅塞之墻南方的設施當中。并命米可等老練的士兵監視他們。

劇情：在女巨人捕獲作戰中有所貢獻的你，奉艾爾文之命，要向米可等人傳達作戰成功的消息，便單槍匹馬前往隔離設施。但在那里，卻又完全意向不到的狀況在等著你。

在你抵達之前，一群巨人像似收到“命令”般沖向這所隔離設施。米可分隊長立馬命在設施內的成員立刻策馬去疏散附近村落的居民。

正好你全副武裝趕來，正好作為米可分隊長的支援（其他被隔離的同學全員都沒有攜帶武器和立體機動裝置，這也導致了之后悲劇的發生），而其他同學都分頭回到各自的村落疏散百姓。

step1.首先要在限時2分鐘內擊殺被標記的巨人。

敵人數量比較多，而且時間也緊迫，順帶一句就是從這一關開始，你的傷害量又要被削減，所以要頻繁發動奇襲以及借助吉爾伽、納拿巴、米卡的招式來快速消滅巨人。

當完成討伐后，米可分隊長會暫時脫離隊伍。

step2.隨后你需要護衛并援護104期生撤退。

只要將路上的巨人都清理掉即可，米可分隊長去作為誘餌，所以這時間內的巨人并不多，加上有納拿巴、吉爾伽的支援，還是很輕松的。

step3.及后吉爾伽建立了一個Lv3據點，可這樣就引來了一批奇行種，雖然他說要避開巨人，但他們會阻擋104期生的去路，所以你也不得不除掉這些包圍據點的巨人。

之后會出現一只大型奇行種，與納拿巴、吉爾伽聯手就可以快速除掉他。

step4.隨后護送同學們走到野外，期間必須在途徑的位置設置據點，一共要設置3處。

每處據點附近都有兩三頭巨人需要你解決，否則同學們都不會前進。

在采石場內會出現大型奇行種，在附近可以建立4處炮塔，就用炮塔將他轟死，之后面對奇行種BOSS也是用這辦法。

副任務01、02、03、04

step5.及后要與米可分隊長匯合，但先去到野外完成兩個副任務，解救未及時疏散的村民。

與米可分隊長匯合后與他一同去討伐大型奇行種，擊殺這敵人后，米可分隊長又會暫時離開.

之后你又要再疏散2批居民，以及消滅三只大型奇行種。

劇情：米可分隊長遇到了獸之巨人，這巨人居然是有智慧并且能說話，他奪走了米可分隊長的立體機動裝置，并且殺害了他。

在米可臨死前，他一直信奉的名言，在他臨終前亦未能貫徹執行（當人類放棄戰斗時就是敗北時，只要還肯奮戰就不算輸），畢竟對手不僅實力強大，還可以命令周遭的巨人，面對如此一個敵人，米可只能束手就擒…

step6.完成主線流程去到臨時營地可以與納拿巴、吉爾伽增進感情。