ClustalX是一款序列比對分析軟件，可以幫助用戶對多重序列進行對比，通過比對不同物種的序列，來確定序列和其他序列間的同源性大小，在軟件中你可以一次導入多重序列，同時進行對比。先設置比對的序列文件，然后設定比對的參數，最后開始進行對比，在比對完成后你可以直接保存比對的結果，方便后續進行查看和更新。
軟件特色
ClustalX官方版是CLUSTAL 多重序列比對程序的Windows版本。Clustal X為進行多重序列和輪廓比對和分析結果提供一個整體的環境。
序列將顯示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比對中加亮保守區的特征。窗口上面的下拉菜單可讓你選擇傳統多重比對和輪廓比對需要的所有選項。
你可以剪切、粘貼序列以更改比對的順序;你可以選擇序列子集進行比對;你可以選擇比對的子排列(Sub-range)進行重新比對并可插入到原始比對中;可執行比對質量分析，低分值片段或異常殘基將以高亮顯示。
軟件功能
用于多重比對不同物種的序列，以確定該序列與其它序列間的同源性大小，是生物學上用來研究分子序列的應用程序,在對核酸與蛋白序列進行多序列比對時就要用到它。
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