Diamond軟件是一個專業的晶體結構繪制軟件,使用它可以讓你創建各式各樣的晶體模型,支持線狀,球棍狀或空間堆積狀,多面體形式等??梢愿鶕脩舻男枰杂尚D、移動和縮放,還可以對其上色和渲染。通過它就可以對化學分子式進行進一步的分析,擁有分子和聚合物擴展、多面體、搜索結構數據、自動和批量創建結構圖片等。
軟件特色
1、自動和批量創建結構圖片:
看到新的“自動圖片造物主”對接窗格,自動將建筑選項,圖片設計和查看方向的變化應用到結構圖上,新的“設計方案”作為一種樣式表,讓您輕松地轉換結構圖片介紹或出版。
2、提高生產力:
閱讀鉆石4中的新工作模式,在探索晶體或分子結構期間進行更直觀的旋轉,移動或縮放的“抓取模式”,在原子周圍的原子和分子的“鄰近預覽”(鍵,分子)鼠標光標,有幾個選項可以使用鼠標滾輪來改變屬性(放大因子,放大/縮小,改變原子半徑)或改變周圍環境(炸掉多面體,擴展分子簇等)(“鼠標滾動”)。
3、分子和聚合物的擴展功能:
概述幾種選項來創建一個填充圖(單元格范圍,球形,平板或分子片),關于非鍵合接點的支持和改進的氫鍵處理。對于大分子或有機和無機聚合物(分子簇的擴展,聚合物框架的生長或切割,無機框架的抽吸),還有幾個新的功能被應用。
4、新的多面體功能:
原子場的“原子環境”各自作為新的選擇標準來定義配位多面體的原子(或配位球)。構造多面體的幾何功能有幾個功能,如原子或鍵的構造,多面體在同一原子間的點擊,復制和粘貼等多面體的組合或分裂。看看Voronoi多面體是如何構建的。
5、搜索結構數據:
閱讀有關訪問晶體結構數據庫COD(“晶體學開放數據庫”)的信息,其中包括AMCSD(“美國礦物學家晶體結構數據庫”)以及IUCr期刊的CIF文件。
6、改進的用戶界面:
查看新的或改進的用戶界面元素,可以更好地集成和關聯不同的視圖(結構圖,表格,粉末圖案等)。閱讀增強的可能性來預覽,調整和排列結構圖片縮略圖,關于結構參數集的顏色編碼,新的對接窗口“最近的圖片”,“撤銷緩沖區”和“視頻序列緩沖區”,新的“原子列表”數據窗格,創建的分子表以及以全屏視圖查看結構圖的可能性。
軟件功能
1、粉末圖擬合
粉末衍射數據既能在表格也能在圖表中計算和顯示。結構參 數變化表格和圖表自動更新。
2、屬性面板和更多輔助視圖
新屬性面板根據現實狀況顯示信息。例如:選定原子的屬性,選定原子周圍距離,通過選定原子的最佳平面或者直線、 質心。距離和角度表格提供直方圖和統計數據,數據支持對結構參數數據簡短概述。
3、模型單獨分配
在版本V2中,模型(球棍模型、空間結構模型)為全局設置。V3版本中,可以將模型單個分配給選定的原子。這就意味著用戶可以在一個相同的圖片顯示球棍模型、空間結構模型、橢圓體模型、棍狀模型或者線框模型。
4、創建POV-Ray場景
POV-Ray 助手幫助用戶創建相當逼真的光線追蹤器圖像,顯示紋理、背景、光線追蹤、多光源。
5、幾何增強:平面、線等
平面可由hkl定義,或通過一組3個或更多的原子定義為最佳平面(或通過2個或者更多的原子定義為線)??蓹z查平面度(線性度)。另外,還能交互計算或者測量原子距離平面和線的距離以及平面之間/線之間的角度。
常見問題
1. Diamond出圖時怎么設置dpi數目
我在使用Diamond出圖時分辨率并不算小,可是編輯說我的圖只有 96dpi,但雜志要求至少 600dpi,請問我該怎么設置?
答: 在picture/layout.../對話框的Targets中選擇Bitmap,然后就可以自己輸入需要的分辨率了.要保存為位圖格式才可以。如果是JPG格式,還是 96dpi.
答: 呵呵,發現在 tools 下拉菜單的 option 里.
2. Diamond橢球圖陰影畫圖
如圖中所示,怎么畫出每個橢球中的陰影部分?我用的是 3.1d版本.
晶體結構繪制軟件(Diamond) v4.1 官方版
答 : 這 個 是 在 diamond 中 的 '原 子 設 置 中 '中 選 的 , 具 體 如 下 : picture-------atomsdesign-------style and colors-------style 中選擇 octant 即可。
3. 怎樣建立氫鍵
我這兒有一個 cif 文件,一個 tab 文件和兩個已經用 diamond 作好的圖,但不知道這兩個圖是怎么畫出來的,想知道作圖過程,請 diamond 高手用 word 或 pdf 寫出作圖過程。
答:沒什么技術含量的吧,堆積一下,刪掉多余的原子,創建氫鍵就好。
4. 怎樣建立單個分子
diamond 一打開 cif,就是堆積圖,怎么才能顯示一個分子。
答:好像最新的更新包已經改過這個 bug 了。但是因為沒有對應的破解程序,所以俺還是用以前的 3.0,經常遇到這個問題。如果你的分子間沒有作用,即:沒有亂七八糟的鍵連在一起,選中一個原子,然后,ctrol+M, 選中一個分子,然后,反選,即選中除該分子之外的所有分子,然后一鍵 delete, 就 ok 了。如果分子連成片,就刪吧。
對于非中心分子,即含反離子的分子結構要小心,不要把反離子漏掉了。當然,如果不用畫就沒問題了。以上拙見,僅供參考。
答:diamond 打開 cif 時選“建立單個分子”,然后點完成,不要點下一步。
5. 請教diamond畫C60 遇到的問題
(1)我這個 C60 在畫多面體的時候,中間 inset 的 atom 的半徑 在每個面上都要自己一個一個去設定 radium,有沒有同類原子半徑一起設置的?里面沒有找到。
(2)當我把中間的 dummy 原子(就是為了畫多面體的時候新加入的)的半徑設為 0后,如果想改 C60 的每個面的顏色的畫,這個怎么改的?
(3)最后問一下,我保存的圖片中背景的 diamond demonstrator 如何去掉。
答:1. 可以在 atom 設置里找到假原子直接設置 2. 以假原子為中心畫多面體 3. 你用的應該是未破解版本。
6. diamond中如何在螺旋鏈中插入一根棒
diamond 中如何在螺旋鏈中插入一根棒,以及如何看結構是單螺旋還是雙螺旋結構,如何畫出單,雙螺旋結構?
答:插入幾個啞原子,然后連鍵,進行一些設置就可以了。前段時間有人傳了一些Diamond 的說明,其中有一個文件就是詳細說明這個棒怎么畫的。
找到了這個文件,感謝原作者 Crystalsnet,我把它上傳到納米盤,你自己下載下來看看就知道怎么做了。
答:在孔道兩側虛擬兩個原子,然后在這兩個原子間成建,設置一下鍵參數就可以了!
答:具體說,選擇兩端的幾個院子,再找這幾個的中心位置,分別 insert atoms , 再 連接心連接, insert bond, 在按你的意思 edit the bond。
7. 如何去掉 M-C,M-H 連接
打開一個晶體數據后,在 connectivity 中把 M-C,M-H 去掉后。再點 complete fragments后,這些 M-C,M-H 又連上了,求助高手。
答:點下connect now 再確定試試。
8. diamond里面如何定義元素化合價
怎么樣定義元素的化合價,然后使半徑比例隨之改變??默認設置好像都是原子半徑。
答:問題解決了,在atomic parameter 里面。
9. diamond畫配位環境時到一定程度原子就長不出來了,是怎么回事
今天用 diamond 畫配位環境時畫到一定程度(配位環境沒畫完)原子就長不出來了,不知是怎么回事?請高手指點,謝謝!
答:試試在“Type of sphere”中把Rmax 值設大一些。
答:或者試試用小太陽符號“Fill coordination directly"。
10. 修改 Diamond 的默認單胞數
我不知道動了什么參數讓 Diamond 的默認單胞數為 2 了,也就是說每次一打開就是兩個單胞里的不對稱結構單元,在哪改回去吖?
答:菜單欄的picture-->guidance-->picture creation assistant-->destroy all atoms, bonds 項選勾,下一步-->在 fill cell range with 項里選擇需要的單胞數,按完成。OK!每次用diamond 打開cif 文件時,在引導項中注意選擇單胞數,就可以控制顯示的單胞數了。
標簽: 晶體結構分析
-
5 UCINET
裝機必備軟件
網友評論